Нынешний архитектурный облик собора сложился в первой половине XIX века, когда были выполнены основные строительные работы. В это время сам Минусинск был селом. 21 декабря 1779 года Варлаам, Епископ Тобольский и Сибирский, разрешил заложить деревянную церковь, которая была освящена в 1781 году. 1
2 сентября 1803 года закладывается новая каменная церковь вместо деревянной. Неизвестен ни автор проекта, ни главный строитель церкви. Основные средства на строительство передал Иван Тимофеевич Масленников. Известно и имя человека, на средства которого построен каменный домик рядом с храмом, предназначенный для богадельни, приюта для бедных и инвалидов, ставший первым каменным домом села Минусинского. Это местный крестьянин Федот Кузьмич Самков. В 1813 году строительство было закончено. Освящение новой церкви состоялось 11 октября 1814 года.