Город расположен на обоих берегах Минусинской протоки реки Енисей, в 12 км от одноимённой железнодорожной станции, в 17 км по прямой от столицы Республики Хакасия города Абакана, в 288 км по прямой северо-западнее столицы Республики Тува города Кызыла, в 267 км по прямой южнее краевого центра — города Красноярска.
Город был основан в 1739 году при впадении речки Минусы в судоходный проток Енисея, как село Миньюсинское (позже — Минусинское) как результат расширения южно-восточного фронтира Российской империи, формируемого радиально от города-крепости Томска. Ранее близ современного Минусинска так был возведён Абаканский острог (в районе современного Краснотуранска), а следом, годами позже, районе современно— острог Абаканск (ныне город Абакан).