Музей открылся 12 февраля 1889 г. Первым даром стала картина В. И. Сурикова. Музей с течением времени и значительно расширял свои коллекции
В 1916 году была организована выставка Старый Красноярск", которая заложила основу для коллекции бытовых предметов музея. Было начато строительство нового здания в виде египетского храма, но оно было перепрофилировано во время Первой мировой войны и позднее пострадало от пожара
В конце 1920-х годов здание было восстановлено и передано обратно музею, который был переименован в Государственный музей Приенисейского края. В 1930 году музей переехал в новое здание и активно включился в усилия по изучению местной истории
Зинаида Константиновна Глусская сыграла значительную роль в истории музея, восстановив картины В. И. Сурикова. После войны в здании были организованы выставки, посвященные Великой Отечественной войне
С 1950-х годов музей систематически расширял свои коллекции благодаря экспедициям